Le conseil d’administration a une structure originale. Chacune des académies membres nomme deux administrateurs, qui désignent à leur tour deux autres administrateurs issus du grand public. Les quatre postes restants sont pourvus sur proposition du ministre de l’Innovation, des Sciences et du Développement économique, mais avec l’approbation officielle du conseil.
Le rôle de ce comité est de donner son avis au conseil d’administration du Conseil des académies canadiennes (CAC) concernant le choix des sujets d’évaluation, les cahiers des charges et l’examen par les pairs. Le comité consultatif scientifique est en outre consulté lors de la sélection des membres des comités d’experts.